Het belangrijkste verschil is dat een orthomoleculaire arts een volledig opgeleide arts is met een BIG-registratie en aanvullende scholing in de orthomoleculaire geneeskunde. Hierdoor kan een arts medische diagnoses stellen, medicijnen voorschrijven en regulier medisch onderzoek aanvragen.

Een orthomoleculair therapeut heeft geen artsenopleiding gevolgd. Therapeuten richten zich vooral op voedings- en leefstijladviezen en werken vaak aanvullend op de reguliere gezondheidszorg. Therapeuten mogen geen diagnose stellen.